Un CSUR de un servicio o unidad de referencia es el que se dedica a la realización de una técnica, tecnología o procedimiento o a la atención de determinadas patologías o grupos de patologías que cumplen una o varias de las características establecidas en el Real Decreto 1302/2006, aunque este servicio o unidad atienda otras patologías para las que no sería considerado de referencia. Un CSUR debe:

• Dar cobertura a todo el territorio nacional y atender a todos los pacientes en igualdad de condiciones independientemente de su lugar de residencia.
• Proporcionar atención en equipo multidisciplinar: asistencia sanitaria, apoyo para confirmación diagnóstica, definir estrategias terapéuticas y de seguimiento y actuar de consultor para las unidades clínicas que atienden habitualmente a estos pacientes.
• Garantizar la continuidad en la atención entre etapas de la vida del paciente (niño-adulto) y entre niveles asistenciales.
• Evaluar los resultados.
• Dar formación a otros profesionales.

Los centros, servicios y unidades de referencia (CSUR) que actualmente tiene reconocidos el Hospital son:

• TPH en pacientes hematoncológicos pediátricos.
• Unidad funcional para la atención de los tumores mesenquimales malignos óseos y de partes blandas (sarcomas). 
• Unidad Funcional  de Enfermedades Neuromusculares (UFMNM)
• Complejo extrofia-epispadias (extrofia vesical, epispadies y extrofia de cloaca), adultos i pediátrico.
• Enfermedades glomerulares complejas (adultos y pediátrico).
• Eritropatología hereditaria (adultos i pediátrico).
• Patologia compleja hipotálamo- hipofisaria